Rendiment de quatre assajos d’amplificació d’àcids nucleics per identificar SARS-CoV-2 a Etiòpia

Gràcies per visitar Nature.com. Feu servir una versió del navegador amb suport CSS limitat. Per obtenir la millor experiència, us recomanem que utilitzeu un navegador actualitzat (o desactiveu el mode de compatibilitat a Internet Explorer). A més, per assegurar el suport continuat, mostrem el lloc sense estils i JavaScript.
Mostra un carrusel de tres diapositives alhora. Utilitzeu els botons anteriors i següents per moure tres diapositives alhora o utilitzeu els botons lliscants al final per moure’s per tres diapositives alhora.
Des del brot de la malaltia del coronavirus 2019 (COVID-19), s’han desenvolupat moltes proves d’amplificació d’àcids nucleics comercials (NAATS) a tot el món i s’han convertit en assajos estàndard. Tot i que diverses proves es van desenvolupar i aplicar ràpidament a proves de diagnòstic de laboratori, el rendiment d’aquestes proves no s’ha avaluat en diversos paràmetres. Per tant, aquest estudi tenia com a objectiu avaluar el rendiment dels assajos Biotecnològics Abbott Sars-CoV-2, Daan, BGI i Sansure Biotech mitjançant l'estàndard de referència compost (CRS). L’estudi es va realitzar a l’Institut de Salut Pública de l’Etiòpia (EPHI) de l’1 al 30 de desembre de 2020. 164 Es van extreure mostres nasofaringees mitjançant el Qiaamp RNA Mini Kit i el sistema de preparació de mostres d’ADN Abbott. De 164 exemplars, el 59,1% van ser positius i el 40,9% van ser negatius per a la CRS. La positivitat de la biotecnologia de Sansure va ser significativament baixa en comparació amb la CRS (P <0.05). La positivitat de la biotecnologia de Sansure va ser significativament baixa en comparació amb la CRS (P <0.05). Положительные резльтаты sansure biotech ыли значительно ниже по с сравнению с crs (p <0,05). Els resultats positius de Sansure Biotech van ser significativament inferiors en comparació amb la CRS (P <0.05).与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0,05）。与 CRS 相比 ， Sansure Biotech 的阳性率显着较低 （P <0,05）。 У sansure biotech ыло значительно менше положительных резльатов по сравнению с crs (p <0,05). Sansure Biotech va tenir significativament menys resultats positius en comparació amb la CRS (P <0.05).L’acord global de les quatre anàlisis va ser del 96,3-100% en comparació amb la CRS. A més de la baixa taxa de positivitat de l’assaig Sansure Biotech, el rendiment dels quatre assajos va ser gairebé comparable. Com a tal, l’assaig Sansure Biotech [només la investigació (RUO)] requereix una validació addicional per al seu ús a Etiòpia. Finalment, s’hauria de considerar investigacions addicionals per avaluar els assajos amb les reclamacions adequades del fabricant.
Les proves de laboratori formen part del pla estratègic de l’Organització Mundial de la Salut (OMS) per a la preparació i resposta de la malaltia del coronavirus 2019 (COVID-19). Qui aconsella que els països necessitin construir capacitat de laboratori per millorar la preparació, la gestió adequada de casos, la vigilància i la resposta ràpida als reptes de la salut pública. Això suggereix que el paper del laboratori és clau per caracteritzar la malaltia i l’epidemiologia d’agents infecciosos emergents i controlar la seva propagació.
El diagnòstic de COVID-19 requereix informació epidemiològica i mèdica, símptomes/signes personals i dades radiogràfiques i de laboratori2. Atès que el brot COVID-19 es va informar a Wuhan, Xina, s’han desenvolupat moltes proves d’amplificació d’àcids nucleics comercials (NAATs) a tot el món. La reacció en cadena de la polimerasa de transcripció inversa en temps real (RRT-PCR) s'ha utilitzat com a mètode rutinari i estàndard per al diagnòstic de laboratori de la síndrome respiratòria aguda greu (SARS-CoV-2) 3 infecció. La detecció molecular de SARS-CoV-2 es basa normalment en el gen N (gen de proteïna nucleocapsid), E (gen de proteïna de sobre) i RDRP (gen de RNA polimerasa de RNA) en ORF1A/B (marc de lectura oberta 1A/B) . Gene) Regió identificada del genoma viral. Es considera que són les principals regions conservades que es troben en genomes virals per al reconeixement de virus4. Entre aquests gens, els gens RDRP i E tenen una alta sensibilitat a la detecció analítica, mentre que el gen N té una sensibilitat analítica baixa5.
El rendiment dels assajos de PCR pot variar en funció de diversos factors com ara: reactius d’extracció, reactius d’amplificació/detecció, mètode d’extracció, qualitat de la màquina PCR i altres instruments. A partir d’abril de 2020, més de 48 dispositius de diagnòstic diferents de nou països han rebut l’autorització d’ús d’emergència (EUA) per a diagnòstics COVID-196. A Etiòpia, s’utilitzen més de 14 plataformes de PCR en temps real per a la detecció de PCR de SARS-CoV-2 a 26 institucions de salut pública, incloses ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 i Quant-Studio7. A més, hi ha diversos kits de prova de PCR, com ara Test de gens DAAN, Test Abbott SARS-CoV-2, Test Sansure Biotech i SARS-CoV-2 BGI Test. Tot i que la RRT-PCR és altament sensible, alguns pacients amb COVID-19 denuncien resultats negatius falsos a causa de còpies insuficients de l’àcid ribonucleic viral (ARN) en mostres a causa d’una recollida, transport, emmagatzematge i manipulació inadequats i proves de laboratori. Condicions i accions del personal8. A més, la mostra o el control de mostres, la configuració del llindar de cicle (CT) i la reactivitat creuada amb altres àcids nucleics patògens o ARN inactiu/residual SARS-CoV-2 poden provocar resultats falsos positius en assajos RRT-PCR9. Així, és clar que les proves de PCR poden identificar efectivament portadors de fragments de gens, ja que ni tan sols poden distingir entre gens virals realment actius, de manera que les proves només poden identificar portadors i no pacients10. Per tant, és important avaluar el rendiment diagnòstic mitjançant mètodes estàndard en la nostra configuració. Tot i que molts reactius NAAT estan disponibles a l’Institut de Salut Pública de l’Etiòpia (EPHI) i a tot el país, encara no s’ha notificat cap avaluació comparativa de la seva efectivitat. Per tant, aquest estudi tenia com a objectiu avaluar el rendiment comparatiu dels kits disponibles comercialment per a la detecció de SARS-CoV-2 per RRT-PCR mitjançant exemplars clínics.
En aquest estudi es van incloure un total de 164 participants amb presumpte COVID-19. La majoria de mostres eren de centres de tractament (118/164 = 72%), mentre que els 46 restants (28%) participants eren de centres de no tractament. Entre els participants no tractats al centre, 15 (9,1%) tenien casos clínicament sospitosos i 31 (18,9%) tenien contactes de casos confirmats. Els noranta-tres (56,7%) participants eren masculins i la mitjana (± SD) dels participants va ser de 31,10 (± 11,82) anys.
En aquest estudi, es van determinar taxes positives i negatives de quatre proves per a COVID-19. Així, les taxes positives de l’assaig d’Abbott Sars-CoV-2, l’assaig Daan Gene 2019-NCOV, l’assaig BGI SARS-CoV-2 i el Sansure Biotech 2019-NCOV van ser del 59,1%, el 58,5%, el 57,9% i el 55,5% respectivament respectivament . Les puntuacions positives i negatives de referència composta (CRS) van ser de 97 (59,1%) i 67 (40,9%), respectivament (taula 1). En aquest estudi, la definició de CRS es va basar en la regla "qualsevol positiva", per la qual cosa dels quatre resultats de les proves, dos o més resultats de les proves que van donar el mateix resultat es van considerar positius o negatius.
En aquest estudi, hem trobat un acord percentual negatiu (NPA) del 100% (IC del 95% 94,6-100) per a totes les anàlisis en comparació amb la CRS. L’anàlisi de Sansure Biotechnology va mostrar un PPA mínim del 93,8% (IC del 95% 87,2-97,1) i l’anàlisi DAAN Gene 2019-NCOV va tenir un acord global del 99,4% (IC del 95% 96,6-99,9). En canvi, l’acord global entre l’assaig BGI SARS-CoV-2 i l’assaig Sansure Biotech 2019-NCOV va ser del 98,8% i del 96,3%, respectivament (taula 2).
El coeficient d’acord Kappa de Cohen entre els resultats d’assaig CRS i Abbott Sars-CoV-2 va ser totalment coherent (k = 1,00). De la mateixa manera, els valors Kappa de Cohen detectats per Daan Gene 2019-NCOV, Sars-CoV-2 BGI i Sansure Biotech 2019-NCOV també són totalment consistents amb la CRS (K ≥ 0,925). En aquesta anàlisi comparativa, el test Chi-square (Test McNemar) va demostrar que els resultats de l'assaig Sansure Biotech 2019-NCOV eren significativament diferents dels resultats CRS (p = 0,031) (taula 2).
Com es mostra a la Fig.1 El percentatge de valor de TC més baix (<20 ct) de l’assaig Abbott SARS-CoV-2 (RDRP combinat i gen N) va ser del 87,6% i el valor del gen ORF1A/B de Sansure Biotech 2019-NCOV assaig va demostrar que el percentatge de baix El valor CT (<20 CT) va ser del 50,3% i el valor de CT elevat (36-40 CT) va ser del 3,2%. 1 El percentatge de valor de TC més baix (<20 ct) de l’assaig Abbott SARS-CoV-2 (RDRP combinat i gen N) va ser del 87,6% i el valor del gen ORF1A/B de Sansure Biotech 2019-NCOV assaig va demostrar que el percentatge de baix El valor CT (<20 CT) va ser del 50,3% i el valor de CT elevat (36-40 CT) va ser del 3,2%.Com es mostra a la Fig.1, процент наииеншего значения ct (<20 ct) i анализа abbott sars-coV-2 (комининuar Orf1a/b анализа sansure biotech 2019-ncov показало что процент низкого значения Ct (<20 ct) соа + 50,3%, а ысокое значен з з з з з з40 соста²ля 3,2%. 1, el percentatge de l'anàlisi de valor TC (<20 CT) més baix de l'Abbott SARS-CoV-2 (gen combinat RDRP i N) va ser del 87,6%i el valor CT de l'anàlisi del gen ORF1A/B de Sansure Biotech 2019-NCOV va demostrar que el percentatge de baix valor de CT (<20 ct) representava el 50,3%, i la CT d’alt valor (36-40 ct) 3,2%.如图 1 所示 ， Abbott Sars-CoV-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因 AT值 (<20 ct) 的百分比为 50,3%， 高 ct 值 (36–40 ct)的百分比为 3,2%。 Com es mostra a la figura 1, el percentatge de valor TC més baix (<20 ct) de la prova Abbott SARS-CoV-2 (combinació de RDRP i N gen) és del 87,6%, el valor CT ORF1A/B de la prova Sansure Biotech 2019-NCOV Mostra ct 值 (<20 ct) 的 El percentatge és del 50,3%, 高 CT 值 (36-40 ct) 的 El percentatge és 3,2%. Как показано на рисунке 1, i анализ abbott sars-coV-2 (сочетающий гены rdrp и n) иел сомое низкое процентое значене в в) в в в) разере 87,6%, i аначение ct гена orf1a/b и исследовании sansure biotech 2019- анализ ncov показал низкий ct. Com es mostra a la figura 1, l’assaig Abbott SARS-CoV-2 (combinant els gens RDRP i N) tenia el percentatge més baix percentual CT (<20 ct) al 87,6%, mentre que el valor CT del gen ORF1A/B en el Sansure Estudi Biotech 2019: l’anàlisi de NCOV va mostrar un TC baix. Процент значений (<20 ct) составил 50,3%, i а п прент ысоких значений ct (36–40 ct) с составил 3,2%. El percentatge de valors (<20 CT) va ser del 50,3%i el percentatge de valors de TC elevats (36-40 ct) va ser del 3,2%.La prova Abbott Sars-CoV-2 B va registrar valors de CT per sobre de 30. D'altra banda, al gen ORF1A/B d'assaig BGI SARS-CoV-2 tenia un percentatge de valor CT elevat (> 36 CT) del 4% (Fig. 1). D'altra banda, al gen ORF1A/B d'assaig BGI SARS-CoV-2 tenia un percentatge de valor CT elevat (> 36 CT) del 4% (Fig. 1). С дрйой стороны, а ализе bgi sars-cov-2 ген Orf1a/b имел ысокое значение ct (> 36 ct), процент которогогогогогосавля с. D'altra banda, en l'anàlisi del gen BGI SARS-CoV-2 ORF1A/B tenia un valor CT elevat (> 36 CT), el percentatge del qual era del 4% (Fig. 1).N D'altra banda, en la detecció BGI SARS-CoV-2, el percentatge de gen ORF1A/B amb un valor CT alt (> 36 CT) és del 4% (figura 1). С дрйой стороны, а ализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с ысокими значенияияи CT (> 36 ct) ссставил 4% (рис. 1). D'altra banda, en l'anàlisi BGI SARS-CoV-2, el percentatge de gens ORF1A/B amb valors de CT elevats (> 36 CT) va ser del 4% (Fig. 1).
En aquest estudi, vam prendre 164 mostres nasofaringees. Per a tot tipus d’assajos, es va realitzar l’aïllament i l’amplificació de l’ARN mitjançant els mètodes i kits recomanats pels respectius fabricants.
Aquest estudi va demostrar que la prova d’Abbott per a SARS-CoV-2 té el mateix rendiment de detecció que la CRS, amb una concordança 100% positiva, negativa i general. L’acord Kappa de Cohen és de 1,00, cosa que indica un acord complet amb CRS. Un estudi similar de la Universitat de Washington als Estats Units va trobar que la sensibilitat i l’especificitat global de la prova Abbott per a SARS-CoV-2 va ser del 93% i del 100%, respectivament, en comparació amb l’assaig determinat del laboratori (LDA) del CDC . 11. El sistema de detecció d’Abbott SARS-CoV-2 es basa en la detecció combinada simultània dels gens N i RDRP, ja que els dos gens són més sensibles, minimitzant falsos negatius12. Un estudi a Viena, Àustria, també va demostrar que els grans volums d’extracció i els volums d’eluent de detecció minimitzaven els efectes de dilució i l’augment de l’eficiència de detecció13. Així, la coincidència perfecta d’Abbott per a l’assaig SARS-CoV-2 es pot associar amb un sistema de detecció de plataformes que detecta simultàniament els gens combinatoris, extreu un gran nombre de mostres (0,5 ml) i utilitza una gran quantitat d’eluent (40 µl).
Els nostres resultats també van demostrar que el rendiment de detecció de la prova genètica de Daan era gairebé el mateix que el de CRS. Això és coherent amb un Study14 realitzat a la Universitat d’Anhui de Huainan, Xina i la reclamació del fabricant d’un acord 100% positiu. Malgrat els informes de resultats consistents, una mostra va ser falsa negativa després de tornar a provar el mateix eluat, però va ser positiva en els assajos Abbott Sars-CoV-2 i Sansure Biotech NCOV-2019. Això suggereix que pot haver -hi variabilitat en els resultats en diferents tipus d’assaigs. No obstant això, en l'estudi realitzat a la Xina15, el resultat de l'assaig del gen daan va ser significativament diferent (p <0.05) en comparació amb el seu assaig de referència definit per laboratori. No obstant això, en l'estudi realitzat a la Xina15, el resultat de l'assaig del gen daan va ser significativament diferent (p <0.05) en comparació amb el seu assaig de referència definit per laboratori. " лаораторного эталонного анализа. No obstant això, en un estudi a la Xina15, el resultat de l'anàlisi del gen de Daan va ser significativament diferent (p <0.05) de la seva anàlisi de referència de laboratori.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异 （P <0,05）。然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Однако и исследованииover, проведенном китае15, р сравнению с е е эталонны лабораторны тестом. No obstant això, en un estudi a la Xina15, els resultats de la prova genètica de Daan van ser significativament diferents (p <0.05) en comparació amb la prova de laboratori de referència.Aquesta discrepància pot ser deguda a la sensibilitat de la prova de referència per detectar SARS-CoV-2, i poden ser importants estudis per determinar la causa.
A més, el nostre estudi va avaluar el rendiment comparatiu de l’assaig SARS-CoV-2 BGI amb CRS, mostrant un excel·lent acord percentual positiu (PPA = 97,9%), acord percentual negatiu (NPA = 100%) i acord percentual global per sexe ( Opa). )). = 98,8%). Els valors de Kappa de Cohen van mostrar un bon acord (k = 0,975). Els estudis als Països Baixos16 i a la Xina15 han mostrat resultats consistents. La prova SARS-CoV-2 BGI és un test de detecció de gen (ORF1A/B) únic mitjançant 10 µL d'amplificació/detecció d'eluat. Malgrat un bon acord estadístic amb els nostres resultats de referència, l’anàlisi va perdre dues mostres positives (1,22%) de la mostra total. Això pot tenir enormes implicacions clíniques en la dinàmica de transmissió tant a nivell de pacient com a la comunitat.
Una altra anàlisi comparativa inclosa en aquest estudi va ser l’assaig Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); El percentatge de coincidència global va ser del 96,3%. La força de l’acord també es va determinar pel valor kappa de Cohen, que era de 0,925, cosa que indica un acord complet amb la CRS. Un cop més, els nostres resultats són idèntics als estudis realitzats a la Central South University de Changsha, Xina i al departament de laboratori clínic de l’Hospital Popular de Liuzhou, Ciutat de Liuzhou, Xina17. Tot i que es va registrar la bona concordança estadística anterior, el test Chi-square (Test MacNemar) va demostrar que el resultat de l’assaig Sansure Biotech ha tingut una diferència estadísticament significativa en comparació amb la CRS (P <0.005). Tot i que es va registrar la bona concordança estadística anterior, el test Chi-square (Test MacNemar) va demostrar que el resultat de l’assaig Sansure Biotech ha tingut una diferència estadísticament significativa en comparació amb la CRS (P <0.005). Несмотря н н то, что ыло зафиксировано указазанное хохошее статистичес tipus (критерий макнемара) показал, что резльтат анализа sansure biotech иееет статистически значиме рличие 0,005). Tot i que es va registrar el bon acord estadístic anterior, el test Chi-square (Test McNemar) va demostrar que el resultat de l’assaig Sansure Biotech tenia una diferència estadísticament significativa en comparació amb la CRS (P <0,005).N尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（Macnemar 检验 表明 ， ， Sansure biotech 检测 与 与 crs 相比 具有 显着 （（p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。） اe Нistr статистически значим разниц (p <0,005) между i анализом sansure biotech и crs. Malgrat el bon acord estadístic indicat anteriorment, el test Chi-square (Test McNemar) va mostrar una diferència estadísticament significativa (p <0,005) entre el test de la biotecnologia de Sansure i el CRS.Es va trobar que sis mostres (3,66%) eren falses negatives en comparació amb la CRS (taula suplementària 1); Això és molt important, sobretot tenint en compte la dinàmica de transmissió del virus. Les dades anteriors també admeten aquesta baixa taxa de detecció15.
En aquest estudi, es van determinar els valors de TC per a cada assaig i la plataforma respectiva, amb el valor mitjà més baix de CT reportat en el test d'Abbott SARS-CoV-2. Aquest resultat pot estar relacionat amb el sistema de proves genètiques combinades simultànies d'Abbott per a la detecció de SARS-CoV-2. Per tant, segons la figura 1, el 87,6% dels resultats de Abbott SARS-CoV-2 tenien valors de TC per sota de 20. Només un nombre reduït de resultats de la mostra (12,4%) es trobava en el rang 20-30. Els valors de TC per sobre de 30 no es van registrar. A més de l’ús d’Abbott del format de prova genètica del panell SARS-CoV-2, aquest resultat pot estar relacionat amb el límit de detecció inferior (32,5 còpies d’ARN/ml) 18, que és tres vegades inferior al límit inferior de la companyia de 100 còpies d’ARN /ml. Ml) 19.
Aquest estudi té algunes limitacions: en primer lloc, no tenim mètodes estàndard/de referència [com ara la càrrega viral o altres proves de laboratori (LDA)] per falta de recursos. En segon lloc, tots els exemplars utilitzats en aquest estudi van ser swabs nasofaríngics, mentre que els resultats no eren aplicables a altres tipus de exemplars i, en tercer, la mida de la nostra mostra era petita.
Aquest estudi va comparar el rendiment de quatre assajos RRT-PCR per a SARS-CoV-2 mitjançant mostres nasofaringees. Tots els assajos de detecció van tenir un rendiment gairebé comparable, a excepció del test de Sansure Biotech. A més, es va identificar la baixa taxa de positivitat en el test de la biotecnologia de Sansure en comparació amb la CRS (P <0.05). A més, es va identificar la baixa taxa de positivitat en el test de la biotecnologia de Sansure en comparació amb la CRS (P <0.05). К кре того, в тесте Sansure biotech ыыл ыывлен низкий процент положительных рзльтатов по сравнению с crs (p <0,05). A més, la prova de biotecnologia de Sansure va mostrar un baix percentatge de resultats positius en comparació amb la CRS (P <0,05).此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外 ， 与 crs 相比 ， sansure biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 К кре того, анализ sansure biotech имел более низкий йровень положительных резлтатов п п сравнению с crs (p <0,05). A més, el test de la biotecnologia de Sansure tenia una taxa de positivitat més baixa en comparació amb la CRS (P <0,05).L’anàlisi de Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) de PPA, NPA i acord global va superar el 93,5% amb una força de Cohen Kappa de valor de 0,925. Finalment, l’assaig de Sansure Biotech (RUO) necessita una validació addicional per al seu ús a Etiòpia i s’hauria de considerar investigacions addicionals per avaluar les reclamacions dels fabricants individuals.
El disseny comparatiu de l'estudi es va realitzar a quatre instal·lacions sanitàries a Addis Ababa, a l'Hospital Eka Kotebe, al Centre de Tractament de l'Església del Mil·lenni, a l'Hospital Memorial Zewooditu i a l'Hospital especialista en tuberculosi de Sant Pere. Les dades es van recollir entre l'1 i el 31 de desembre de 2020. Les instal·lacions mèdiques per a aquest estudi es van triar amb intenció en funció del seu gran nombre de casos i de la disponibilitat de centres de tractament principals a la ciutat. De la mateixa manera, els instruments, inclosos els instruments de PCR en temps real ABI 7500 i Abbott M2000, van ser seleccionats segons les recomanacions dels fabricants de reactius NAAT, i es van seleccionar quatre kits de detecció de PCR per a aquest estudi, ja que la majoria de laboratoris a Etiòpia utilitzaven almenys almenys almenys almenys quatre d’ells. Gene Test, Abbott Sars-CoV-2 Test, Sansure Biotech Test i Sars-CoV-2 BGI Test realitzats durant l'estudi).
Les proves de SARS-CoV-2 es van realitzar de l'1 al 30 de desembre de 2020 mitjançant 3 ml de medi de transport viral (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Xina) de persones investigades per COVID-19 referides a EPHI. Les mostres nasofaringees van ser recollides per col·leccionistes de mostres formats i enviats a Ephi en triple paquets. Abans de l’aïllament de l’àcid nucleic, a cada mostra se li assigna un número d’identificació únic. L’extracció es realitza de cada mostra immediatament a l’arribada mitjançant mètodes d’extracció manuals i automàtics. Així, per a l’extracció automàtica d’Abbott M2000, 1,3 ml (inclòs el volum mort de 0,8 ml i el volum d’entrada d’extracció de 0,5 ml) de la mostra es va extreure de cada mostra i es va passar pel sistema de preparació de la mostra d’ADN Abbott (Abbott Molecular Inc. Des Plains, IL, EUA). ) Es va incloure un lot de 96 [92 mostres, dos controls de detecció i dos controls no picats (NTC)]] en el procés global (recuperació i detecció) de dues rondes de SARS-CoV-2 (EUA) en temps real. Mineria. De la mateixa manera, per a l'extracció manual, utilitzeu les mateixes mostres (per a l'extracció automàtica i el descobriment). Així, durant tot el procés, es van aliquotar i extreure 140 µL de mostres mitjançant el mini kit de Qiaamp Viral RNA (Qiagen GmbH, Hilden, Alemanya) en lots de 24 (incloent 20 mostres, dos controls d’assaig i dos NTCs) en nou rondes. Es van amplificar i detectar els eluats extrets manualment mitjançant un ciclista tèrmic ABI 7500 mitjançant assaig SARS-CoV-2 BGI, assaig de gen daan i assaig biotecnològic sansure.
L’aïllament automatitzat i la purificació de l’ARN viral SARS-CoV-2 segueix el principi de perles magnètiques mitjançant reactius de preparació de la mostra d’ADN Abbott. La inactivació de mostres i la solubilització de partícules víriques es realitza mitjançant un detergent que conté isotiocianat de guanidina per desnatar la proteïna i inactivar la RNasa. L’ARN es separa després de la proteïna per separació de fase sòlida mitjançant sílice, és a dir, la sal guanidinium i el pH alcalí del tampó de lisi promouen la unió dels àcids nucleics a la sílice (SiO2). El pas d’esbandit elimina les proteïnes i les deixalles restants per produir una solució clara. L’ARN transparent està aïllat de micropartícules a base de sílice mitjançant el camp magnètic de l’instrument20,21. D'altra banda, l'aïllament manual i la purificació de l'ARN es realitzen mitjançant el mètode de la columna de spin mitjançant la centrifugació en lloc d'un suport magnètic i la separació de micropartícules de l'eluent.
La prova de detecció de SARS-CoV-2 en temps real d'Abbott (Abbott Molecular, Inc.) es va realitzar segons les instruccions del fabricant, que van rebre EUA19,22 de l'OMS i de la FDA. En aquest protocol, la inactivació de la mostra abans de l'extracció es va realitzar en un bany d'aigua a 56 ° C durant 30 min. Després de la inactivació del virus, l'extracció d'àcid nucleic es va realitzar en un instrument Abbott M2000 SP des de 0,5 ml VTM mitjançant un sistema de preparació de mostres d'ADN Abbott M2000. Segons el fabricant. L’amplificació i la detecció es van realitzar mitjançant un instrument Abbott M2000 RT-PCR i es va realitzar una detecció dual per als gens RDRP i N. ROX) i Vic P (colorant propietari) per a l’orientació i detecció de controls interns, permetent la detecció simultània dels dos productes d’amplificació 19.
El mètode de detecció d’amplificació d’aquest kit es basa en la tecnologia RT-PCR d’un sol pas. Els gens ORF1A/B i N van ser seleccionats com a regions conservades per la tecnologia del gen DAAN per detectar l'amplificació de la regió objectiu. Els imprimadors específics i les sondes fluorescents (sones N de N etiquetades amb FAM, ORF1A/B Sondes marcades amb VIC) han estat dissenyats per detectar ARN SARS-CoV-2 en mostres. Les mescles finals i màsters es van preparar afegint 5 µL d’eluent a 20 µL de la barreja mestra a un volum final de 25 µL. L'amplificació i la detecció es van realitzar simultàniament en un instrument de PCR en temps real ABI 750024.
Els gens ORF1A/B i N es van detectar mitjançant el kit de diagnòstic d’àcid nucleic Sansure Biotech NCOV-2019 (detecció de PCR fluorescent). Prepareu sondes específiques per a cada gen objectiu seleccionant el canal FAM per a la regió ORF1A/B i el canal ROX per al gen N. A aquest kit d'assaig, s'afegeixen reactius d'eluent i màster de la següent manera: Prepareu un reactiu de barreja mestra de 30 µl i una mostra eluida de 20 µl per a la detecció/amplificació. Es va utilitzar PCR ABI 750025 en temps real per a l'amplificació/detecció.
La prova SARS-CoV-2 BGI és un kit fluorescent en temps real RRT-PCR per al diagnòstic de COVID-19. La regió objectiu es troba a la regió ORF1A/B del genoma SARS-CoV-2, que és un mètode de detecció de gens únic. A més, el gen de la neteja humana β-actina és un gen objectiu regulat internament. La barreja mestra es prepara barrejant 20 µl del reactiu de barreja mestra i 10 µl de la mostra d'ARN extreta en una placa de pou26. Es va utilitzar un instrument de PCR en temps real ABI 7500 fluorescent per a l'amplificació i la detecció. Tota l’amplificació d’àcids nucleics, les condicions d’execució de PCR per a cada assaig i la interpretació dels resultats es van realitzar segons les instruccions del fabricant respectiu (taula 3).
En aquesta anàlisi comparativa, no hem utilitzat el mètode estàndard de referència per determinar el percentatge d’acord (positiu, negatiu i general) i altres paràmetres de comparació per a les quatre anàlisis. Cada comparació de proves es va fer amb CRS, en aquest estudi es va establir la CRS per la regla "qualsevol positiu" i el resultat es va determinar, no per una prova única, vam utilitzar almenys dos resultats de proves coincidents. A més, en el cas de la transmissió COVID-19, els resultats negatius falsos són més perillosos que els resultats falsos positius. Per tant, per dir “positius” el més precisament possible a partir d’un resultat CRS, almenys dues proves d’assaig han de ser positives, el que significa que almenys un resultat positiu prové d’un assaig de l’EUA. Així, dels quatre resultats de les proves, dos o més resultats de les proves que donen el mateix resultat es consideren veritables positius o negatius18,27.
Les dades es van recollir mitjançant formularis d’extracció de dades estructurats, l’entrada de dades i l’anàlisi es van realitzar mitjançant el programari estadístic Excel i la versió 23.0 SPSS per a estadístiques descriptives. Es va analitzar un acord positiu, negatiu i percentatge global i es va utilitzar una puntuació Kappa per determinar el grau d’acord de cada mètode amb CRS. Els valors de Kappa s’interpreten de la manera següent: 0,01 a 0,20 per a un acord suau, 0,21 a 0,40 per a un acord general, 0,41-0,60 per a un acord moderat, 0,61-0,80 per a un acord major i 0,81-0,99 per a un acord complet28.
La autorització ètica es va obtenir de la Universitat d'Addis Ababa i tots els protocols experimentals per a aquest estudi van ser aprovats per la Junta de revisió científica de l'Institut Científic de l'Institut de Salut Pública de l'Etiòpia. El número de referència de la llicència EPHI Ètica és EPHI/IRB-279-2020. Tots els mètodes es van aplicar d’acord amb les recomanacions i les disposicions de les directrius integrals nacionals etíopes per al tractament del COVID-19. A més, es va obtenir el consentiment informat per escrit de tots els participants de l'estudi abans de la participació en l'estudi.
Totes les dades obtingudes o analitzades en aquest estudi s’inclouen en aquest article publicat. Les dades que donen suport als resultats d’aquest estudi estan disponibles a l’autor respectiu a petició raonable.
Organització Mundial de la Salut. Recomanacions per a estratègies de proves de laboratori per a COVID-19: Orientació provisional, 21 de març de 2020 núm. OMS/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (OMS, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gourgoulianis, KI COVID-19 Diagnòstic intel·ligent al servei d’urgències: tot a la pràctica. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gourgoulianis, KI COVID-19 Diagnòstic intel·ligent al servei d’urgències: tot a la pràctica.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gurgulianis, KI Diagnòstic intel·ligent de COVID-19 al servei d’urgències: tot a la pràctica.Muliou DS, Pantazopoulos I. i Gurgulyanis KI Diagnòstic intel·ligent de COVID-19 als serveis d’emergència: integració de punta a la pràctica. Reverend Experend Respire. medicament. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Avaluació del COVID19 ID Now EUA Assay. Mitchell, SL & St George, K. Avaluació del COVID19 ID Now EUA Assay.Mitchell, SL i St. George, K. Avaluació del COVID19 ID Now EUA Assay.Mitchell SL i St. George K. Avaluació del COVID19 ID Now EUA Assay. J. Clínica. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
OMS. Detecció de laboratori de la malaltia del coronavirus 2019 (COVID-19) en sospites de malaltia humana. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (consultat el 15 d'agost de 2020) (OMS, 2020).
Udugama, B. et al. Diagnòstic COVID-19: malalties i eines de prova. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Establiment del Col·legi de Patòlegs de l’Àfrica oriental, central i sud - Escola regional de patologia del Pròxim Orient i Sud -àfrica. Àfrica. J. Lab. medicament. 9 (1), 1-8 (2020).
Institut Etiòpia de Salut Pública, Ministeri Federal de Salut. Estratègia i orientació nacional interina per al diagnòstic de laboratori de COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (consultat el 12 d'agost de 2020) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. i Kesselheim, com a falses proves negatives per a les implicacions i les implicacions de la infecció per SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. i Kesselheim, com a falses proves negatives per a les implicacions i les implicacions de la infecció per SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim com a proves falses-negatives per a infeccions per SARS-CoV-2 i les seves conseqüències.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim com a proves falses-negatives per a la provocació i l'impacte de la infecció SARS-CoV-2. N. Eng. J. Medicina. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-positive i fals-negatiu COVID-19 Casos: Estratègies de prevenció i gestió respiratòries, vacunació i perspectives posteriors. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI False-positive i fals-negatiu COVID-19 Casos: Estratègies de prevenció i gestió respiratòries, vacunació i perspectives posteriors. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki ложноположиglab лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS i Gourgoulianis, KI casos falsos positius i falsos negatius de COVID-19: estratègies de prevenció i tractament respiratòries, vacunació i camí a seguir.Muliu, DS i Gurgulianis, KI casos falsos-positius i falsos-negatius de COVID-19: Estratègies de prevenció i tractament respiratoris, vacunació i el camí a seguir. Reverend Experend Respire. medicament. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. COVID-19 diagnòstic al servei d’urgències: veure l’arbre però perdre el bosc. Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. COVID-19 diagnòstic al servei d’urgències: veure l’arbre però perdre el bosc.Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. COVID-19 Diagnòstic al servei d’urgències: vegeu l’arbre, perd el bosc.Muliou DS, Ioannis P., i Konstantinos G. COVID-19 Diagnòstic a les sales d’urgències: no hi ha prou bosc per als arbres. Apareix. medicament. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validació i validació del rendiment analític i clínic de l’assaig SARS-COV-2 d’Abbott RealTime. J. Clínica. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Comparació cinc conjunts d’imprimació de diferents regions del genoma de COVID-19 per a la detecció de la infecció per virus per RT-PCR convencional. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Comparació de cinc conjunts d’imprimació de diferents regions del genoma de COVID-19 per a la detecció de la infecció per virus per RT-PCR convencional.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatunyan, B. Comparació de cinc conjunts de primers de diferents regions del genoma COVID-19 per a la detecció de la infecció viral per RT-PCR convencional. Moleii, Hr, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 用于通过常规 用于通过常规 rt-pcr 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Comparació de 5 regions genètiques diferents de COVID-19 per a la detecció de la infecció viral per RT-PCR convencional.Mollaii HR, Afshar AA, Kalantar-Neestanaki D, Fazlalipour M. i Aflatunyan B. Comparació de cinc conjunts de primers de diferents regions del genoma COVID-19 per a la detecció de la infecció viral per RT-PCR convencional.Iran. J. Microbiologia. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Resultats preliminars del Programa nacional d’avaluació de la qualitat externa per a la detecció de seqüències del genoma SARS-CoV-2. J. Clínica. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Avaluació analítica de l'eficàcia de cinc kits RT-PCR per a coronavirus de síndrome respiratòria aguda greu 2. J. Clinical. Laboratori. anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. Avaluació de set kits de detecció de RNA SARS-CoV-2 disponibles comercialment a la Xina basats en la reacció en cadena de la polimerasa en temps real (PCR). Clínica. Químic. Laboratori. medicament. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB et al. Comparació de set kits comercials de diagnòstic COVID-19 RT-PCR. J. Clínica. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Comparació del rendiment diagnòstic de dos kits de PCR per a la detecció d’àcids nucleics SARS-CoV-2. J. Clínica. Laboratori. anus. 34 (10), E23554 (2020).
LEFART, PR, etc. Un estudi comparatiu de quatre plataformes d’amplificació d’amplificació d’àcid nucleic SARS-CoV-2 (NAAT) va demostrar que el rendiment d’ID ara es va degradar significativament segons el tipus de pacient i el tipus de mostra. diagnòstic. Microbiologia. Infectar. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Molècula Abbott. Inserció del paquet d’anàlisi SARS-CoV-2 de Abbott en temps real. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (A partir del 10 d’agost de 2020) (2020).
Klein, S. et al. Aïllament de l'ARN SARS-CoV-2 mitjançant perles magnètiques per a la detecció ràpida a gran escala per RT-qPCR i RT-LAMP. Virus 12 (8), 863 (2020).